SangerAlignment Level

SangerContig Level

SangerRead Level

Basic Information:

  • Output Directory : /Users/matthewsasaki/Desktop/Lab_Projects/diapt_ctmax_survey/Output/Sequences/SangerAlignment
  • Input Source : ABIF
  • Process Method : REGEX
  • Input ABIF Directory : Raw_data/seq_data/
  • Forward Reads Suffix Regex : F.*ab1$
  • Reverse Reads Suffix Regex : R.*ab1$

Contigs Consensus

Primary Sequence


Contigs Alignment

                                   20                  40                  60                  80                 100                 120                 140                 160                 180                 200                 220                 240                 260                 280                 300                 320                 340                 360                 380                 400                 420                 440                 460                 480                 500                 520                 540                 560                 580                 600                 620                 640                 660                 680                 700        
                 '''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''|'''''''''        
           SM    -------------AAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTGCGGGGGCTTGGTCAGGTATAGTAGGAACCGGCCTAA-GGATAATTATCCGGATAGAATTAGGCCAAKSMR-GCTCCTTAATTGGAGATGACCAAATTTATAATGTTGTTGTAACGGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTCATGCCAATTTTAATTGGTGGATTTGGTAATTGACTGGTCCCCCTAATGCTCGGAGCTAGAGACATAGCTTTTCCTCGGATAAATAATATAAGATTTTGGTTTTTAATTCCTGCGTTAGTAATATTACTATCTAGATCTCTTGTAGAGAGAGGAGCAGGCACAGGGTGAACAGTTTACCCCCCACTCTCCAGAAATATCGCACATGCAGGGAGATCTGTTGATTTTGCTATCTTCTCTTTACATTTAGCAGGAGTAAGATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTAGAACTTTAGGAAATTTACGGGTATTTGGTATAATTTTAGACCGAATGCCTCTATTTGCGTGAGCTGTTTTAATTACTGCAGTCTTACTACTTCTCTCTTTGCCGGTTCTTGCTGGGGCCATCACAATAMTGCTTACAGACCGAAATCTAAATTCTAGATTTTACGATGCAGGGGGAGGAGGAGACCCAATTTTATATCAACACTTATTTTGATTTTTTGGTCAC----------    684    
          SM1    -------------AAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTGCSGGGGCTTGGTCAGGTATAGTAGGAACCGGCCTAW-GGATAATTATCCGGATAGAATTAGGCCWAKCAG-GCTCCTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATGTTGTTGTAACGGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTCATGCCAATTTTAATTGGTGGATTTGGTAATTGACTGGTCCCCCTAATGCTCGGAGCTAGAGACATAGCTTTTCCTCGGATAAATAATATAAGATTTTGGTTTTTAATTCCTGCGTTAGTAATATTATTATCTAGATCTCTTGTAGAGAGAGGAGCAGGCACAGGGTGAACAGTTTACCCCCCACTCTCCAGAAATGTCGCACATGCAGGGAGATCTGTTGATTTTGCTATCTTCTCTTTACATTTAGCAGGAGTAAGATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTAGAACTTTAGGAAATTTACGGGTATTTGGTATAATTTTAGACCGAATGCCTCTATTTGCGTGAGCTGTTTTAATTACTGCAGTCTTACTACTTCTCTCTTTGCCGGTTCTTGCTGGGGCCATCACAATACTGCTTACAGACCGAAATCTAAATTCTAGATTTTACGATGCAGGGGGAGGAGGAGACCCAATTTTGTATCAACACTTATTTTGATTTTTTGG--------------    680    
          SM2    -------------AAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTGCGGGGGCTTGGTCAGGCATAGTAGGAACCGGCCTAA-KGATAATTATCCGGATAGAATTAGGCCAAKMAG-GCTCCTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATGTTGTTGTAACGGCTCACGCGTTTATTATAATTTTTTTTATAGTCATGCCAATTTTAATTGGTGGATTTGGTAATTGACTGGTCCCCCTAATGCTCGGAGCTAGAGACATAGCTTTTCCTCGGATAAATAATATAAGATTTTGGTTTTTAATTCCTGCGTTAGTAATATTATTATCTAGATCTCTTGTAGAGAGAGGAGCAGGCACAGGATGAACAGTTTACCCCCCACTCTCCAGAAATATCGCGCATGCAGGGAGATCTGTTGATTTTGCTATCTTCTCTTTACATTTAGCAGGAGTAAGATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTAGAACTTTAGGAAATTTACGGGTATTTGGTATAATTTTAGACCGAATGCCTCTATTTGCGTGAGCTGTTTTAATTACTGCAGTCTTACTACTTCTCTCTTTGCCGGTTCTTGCTGGGGCCATCACAATACTGCTTACAGACCGAAATCTAAATTCTAGATTTTACGATGCAGGGGGAGGAGGAGACCCAATTTTATATCAACACTTATTTTGATTTTTTGGTCAC----------    684    
           SO    ------------TAAAGATATTGGGACTTTATATTTAATCGCAGGAGCTTGATCAGGGATAGTTGGAACAGGCTTAA-GAATAATTATCCGTATAGAATTAGGSCAWKCAG-GGTCATTGATCGGGGACGATCAAATTTATAATGTAGTAGTTACTGCCCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATGCCTATTTTAATTGGGGGGTTTGGAAATTGGTTAGTGCCTTTAATATTAGGCGCCAGAGATATGGCATTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTAATTCCTGCTTTAGTTATGCTTCTTTCTAGATCTTTAGTGGAAAGAGGCGCAGGTACAGGTTGAACAGTTTATCCTCCGTTATCCAGTAATATCGCCCATGCTGGCAGTTCCGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCCGGAGTGAGCTCAATTCTTGGAGCTGTAAACTTTATTAGAACTCTAGGAAATTTGCGAGTGTTTGGAATAATTTTAGACCGAATACCACTCTTTGCTTGAGCTGTTTTAATCACCGCGGTTTTACTACTTTTATCTTTACCTGTGCTTGCTGGGGCTATTACAAWACKTTTAACAGATCGAAATTTAAATTCTAGTTTCTATGACGCAGGGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCA-----------    684    
          SO1    -------------AAAGATATTGGGACTTTATATTTAATCGCAGGAGCTTGATCAGGGATAGTTGGAACAGGCTTAATGAATAATTATCCGTATAGAATTAGGGCAWGMAGAGGTCATTGATCGGGGACGATCAAATTTATAATGTAGTAGTTACTGCCCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATGCCTATTTTAATTGGGGGGTTTGGAAATTGGTTAGTGCCTTTAATATTAGGCGCCAGAGATATGGCATTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTAATTCCTGCTTTAGTTATGCTTCTTTCTAGATCTTTAGTGGAAAGAGGCGCAGGTACAGGTTGAACAGTTTATCCTCCGTTATCCAGTAATATCGCCCATGCTGGCAGTTCCGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCCGGAGTGAGCTCAATTCTTGGAGCTGTAAACTTTATTAGAACTCTAGGAAATTTGCGAGTGTTTGGAATAATTTTAGACCGAATACCACTCTTTGCTTGAGCTGTTTTAATCACCGCGGTTTTACTACTTTTATCTTTACCTGTGCTTGCTGGGGCTATTMCARTACKTTTAACAGATCGAAATTTAAATTCTAGTTTCTATGACGCAGGGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACC---------    687    
          SO2    -----------ATAAAGATATTGGGACTTTATATTTAATCGCAGGAGCTTGATCAGGKATAGTTGGAACAGGCTTAW-GAATAATTATCCGTATAGAATTAGGSCWWKCAG-GGTCATTGATCGGGGACGATCAAATTTATAATGTAGTAGTTACTGCCCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATGCCTATTTTAATTGGGGGGTTTGGAAATTGGTTAGTGCCTTTAATATTAGGCGCCAGAGATATGGCATTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTAATTCCTGCTTTAGTTATGCTTCTTTCTAGATCTTTAGTGGAAAGAGGCGCAGGTACAGGTTGAACAGTTTATCCTCCGTTATCCAGTAATATCGCCCATGCTGGCAGTTCCGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCCGGAGTGAGCTCAATTCTTGGAGCTGTAAACTTTATTAGAACTCTAGGAAATTTGCGAGTGTTTGGAATAATTTTAGACCGAATACCACTCTTTGCTTGAGCTGTTTTAATCACCGCGGTTTTACTACTTTTATCTTTACCTGTGCTTGCTGGGGCTATTMCWATACKTTTAACAGATCGAAATTTAAATTCTAGTTTCTATGACGCAGGGGGAG---------------------------------------------------------    639    
           SP    -----------ATAAAGATATTGGGACTTTATATTTAATCGCAGGAGCTTGATCAGGGATAGTTGGGACAGGCTTAW-GAATAATTATCCGTATAGAATTAGGGCAWGMAG-GGTCATTGATCGGGGACGATCAAATTTATAATGTAGTAGTTACTGCCCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATGCCTATTTTAATTGGGGGGTTTGGAAATTGGTTAGTGCCTTTAATATTAGGCGCCAGAGATATGGCATTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTAATTCCTGCTTTAGTTATGCTTCTATCTAGATCTTTAGTTGAAAGAGGCGCAGGTACAGGTTGAACAGTTTATCCTCCGTTATCCAGTAATATCGCCCATGCTGGCAGTTCCGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCCGGAGTGAGCTCAATTCTTGGAGCTGTAAACTTTATTAGAACTCTAGGAAATTTGCGAGTGTTCGGAATAATTTTAGACCGAATACCACTCTTTGCTTGAGCTGTTTTAATCACCGCGGTTTTACTACTTTTATCTTTACCTGTGCTTGCTGGGGCTATTMCAATACKTTTAACAGATCGAAATTTAAATTCTAGTTTCTATGACGCAGGGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACC---------    687    
          SP1    ---------TCATAAAGATATTGGGACTTTATATTTAATCGCAGGAGCTTGATCAGGGATAGTTGGGACAGGCTTAA-KAATAATTATCCGTATAGAATTAGGGCAAKCAG-GGTCATTGATCGGGGACGATCAAATTTATAATGTAGTAGTTACTGCCCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATGCCTATTTTAATTGGGGGGTTTGGAAATTGGTTAGTGCCTTTAATATTAGGCGCCAGAGATATGGCATTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTAATTCCTGCTTTAGTTATGCTTCTATCTAGATCTTTAGTTGAAAGAGGCGCAGGTACAGGTTGAACAGTTTATCCTCCGTTATCCAGTAATATCGCCCATGCTGGCAGTTCCGTGGATTTTGCTATTTTTTCATTACATTTAGCCGGAGTGAGCTCAATTCTTGGAGCTGTAAACTTTATTAGAACTCTAGGAAATTTGCGAGTGTTCGGAATAATTTTAGACCGAATACCACTCTTTGCTTGAGCTGTTTTAATCACCGCGGTTTTASTACTTTTATCTTTACCTGTGCTTGCTGGGGCTATTMCARTACTTKTAACAGATCGAAATTTAAATTCTAGTTTCTATGACGCAGGGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCA-----------    687    
          SP2    GTCAACAAATCATAAAGATATTGGGACTTTATATTTAATCGCAGGAGCTTGATCAGGGATAGTTGGGACAGGCTTAA-GAATAATTATCCGTATAGAATTAGGRSRMKCAG-GGTCATTGATCGGGGACGATCAAATTTATAATGTASTWGTTACTGCCCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATGGTTATGCCTATTTTAATTGGGGGGTTTGGAAATTGGTTAGTGCCTTTAATATTAGGCGCCAGAGATATGGCATTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTAATTCCTGCTTTAGTTATGCTTCTATCTAGATCTTTAGTTGAAAGAGGCGCAGGTACAGGTTGAACAGTTTATCCTCCGTTATCCAGTAATATCGCCCATGCTGGCAGTTCCGTGGATTTAGCTATTTTTTCATTACATTTAGCCGGAGTGAGCTCAATTCTTGGAGCTGTAAACTTTATTAGAACTCTAGGAAATTTGCGAGTGTTCGGAATAATTTTAGACCGAATACCACTCTTTGCTTGAGCTGTTTTAATCACCGCGGTTTTASTACTTTTATCTTTACCTGTGCTTGCTGGGGCTATYACARTACTTTTAACAGATCGAAATTTAAATTCTAGTTTCTATGACGCAGGGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACCCTGAAGTTT    707    
           SR    -----------ATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATCGCAGGGGCTTGATCAGGRATAGTAGGGACTGGTTTAW-GAATAATTATTCGGATAGAGCTCGGTCAWGCAG-GTTCTTTGATTGGAGATGATCAAATTTATAATGTGGTGGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTCTAATTGGAGGGTTTGGCAATTGATTAGTTCCTTTAATGTTAGGTGCTAGGGATATGGCTTTCCCACGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTTATCCCCGCGTTAGTAATACTTCTTTCTAGTTCTTTAGTGGAAAGGGGAGCAGGAACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCCTTATCTAGTAATATTGCTCACGCAGGAAGCTCAGTAGATTTTGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCCGGAGTCAGGTCAATTTTAGGAGCTGTAAATTTTATTAGGACTTTGGGGAATTTACGAGTTTTTGGAATAATTTTAGATCGAATACCTCTTTTCGCTTGAGCCGTCTTAATTACTGCTGTCTTACTTCTTTTATCACTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACTAWGCKTTTAACGGATCGTAATTTAAACTCWAGTTTTTATGATGCTGGTGGAGGAGGGGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCAC----------    686    
          SR1    ---------TCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATCGCAGGGGCTTGATCAGGAATAGTAGGGACTGGTTTAA-KAATAATTATTCGGATAGAGCTCGGTCAMKCAG-GTTCTTTGATTGGAGATGATCAAATTTATAATGTGGTGGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTCTAATTGGAGGGTTTGGCAATTGATTAGTTCCTTTAATGTTAGGTGCTAGGGATATGGCTTTCCCACGAATAAATAATATAAGATTTTGGTTTCTTATCCCCGCGTTAGTAATACTTCTTTCTAGTTCTTTAGTGGAAAGGGGAGCAGGAACGGGGTGAACAGTGTACCCTCCCTTATCTAGTAATATTGCTCACGCAGGAAGCTCAGTAGATTTTGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCCGGAGTCAGGTCAATTTTAGGAGCTGTAAATTTTATTAGGACTTTGGGGAATTTACGAGTTTTTGGAATAATTTTAGATCGAATACCTCTTTTCGCTTGAGCCGTCTTAATTACTGCTGTCTWASTTCTTTTATCACTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTAYYRTRMKTTTAACGGATCGTAATTTAAACTCTAGTTTTTATGATGCTGGTGGAGGAGGGGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACCCT-------    691    
                         
    Consensus    GTCAACAAATCATAAAGATATTGGRACTTTATATTTAATYGCRGGRGCTTGRTCAGGNATAGTWGGRACHGGYYTAW+KRATAATTATYCGKATAGARYTMGGBCWHKMAG+GBTCHTTRATYGGRGAYGAYCAAATTTATAATGTDGTDGTWACDGCYCAYGCDTTTATTATAATTTTTTTTATRGTHATRCCWATTYTAATTGGDGGRTTTGGHAATTGRYTRGTBCCYYTAATRYTMGGHGCYAGRGAYATRGCWTTYCCHCGRATAAATAATATAAGATTTTGGTTTYTWATYCCYGCKTTAGTWATRYTWYTWTCTAGWTCTYTWGTDGARAGRGGMGCAGGHACRGGDTGAACAGTKTAYCCYCCVYTMTCYAGWAATRTYGCNCAYGCWGGVAGHTCHGTDGATTTWGCTATYTTYTCWTTACATTTAGCMGGAGTVAGVTCAATTYTWGGAGCWGTAAAYTTTATTAGRACTYTRGGRAATTTRCGRGTDTTYGGWATAATTTTAGAYCGAATRCCWCTHTTYGCKTGAGCYGTYTTAATYACYGCDGTYTTASTWCTTYTMTCWYTRCCKGTDYTWGCTGGRGCYATYMCWRWRMKKYTWACRGAYCGWAATYTAAAYTCTAGWTTYTAYGAYGCWGGKGGAGGAGGRGAYCCWATTTTRTAYCAACAYTTATTTTGATTTTTTGGTCACCCTGAAGTTT    709

Contigs Tree



Contigs Reports

‘includeSangerContig’ is ‘FALSE’. Contigs are not included in this report.